地壳应力研究所位于北京市海淀区西三旗环岛西侧，是中国地震局直属的非营利性公益科研所，也是我国地壳动力学研究的重要基地，以及以地壳动力学、地震前兆观测与研究、地震与地质灾害等有关的基础理论和应用研究为主要任务的综合性研究所，内设办公室、科学技术处、人事教育处、计划财务处、党群工作办公室、纪检监察审计室、离退休干部处、后勤服务中心等机构。
地壳应力研究所下设地壳动力学研究室、地震前兆观测理论与技术研究室、断层力学与形变观测研究室、地壳应力应变与岩石力学研究室、地震监测与预报研究室、综合减灾技术研究室、地震救援技术研究室、地震信息网络研究室研究室、武汉科技创新基地。重点研究领域和方向主要有地壳动力学理论、地壳应力场和形变场、地震构造力学机理、地震预测理论与方法、地震前兆理论和观测技术、大地测量理论与观测技术、重力和固体潮理论与观测、遥感和卫星影像等空间信息技术的应用、地震与地质灾害的机理与监测预警技术。

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工程力学研究所是直属于中国地震局的目前国内唯一以地震工程和防灾减灾为主要研究领域的国家公益性科研机构，也是中国地震局地震灾害评估、房屋建筑安全鉴定、地震预警与烈度速报以及强震动观测的技术牵头单位，主要研究领域为地震工程和防灾减灾，主要开展强震动观测、工程地震、结构工程、生命线工程、岩土工程、城市防灾减灾等方面的研究。
工程力学研究所现设有强震动观测、工程地震、结构工程、生命线工程、城市与工程综合防灾、岩土工程、振动测量仪器等七个研究室和恢先地震工程综合实验室；设有所务办公室、科技发展部、人才资源部、计划财务部、党群工作办公室（纪检监察审计室）、离退休工作办公室、北京园区办公室等七个管理部门，以及后勤管理中心、科技杂志社、图书资料与网络中心、试验厂等科研辅助部门。

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地质研究所是直属于中国地震局的国家级科研机构，也是一个包括地质、地球物理、地球化学和大地测量学的综合性、多学科的地球科学研究机构，以及国内唯一以研究新构造运动和现今地球动力作用为主的国家级研究所，设有“地震动力学”国家重点实验室和“活动构造与火山”中国地震局重点实验室，拥有设备齐全的科学实验、科学探测系统和大规模并行计算系统。
地质研究所主要从事地震科学和防震减灾领域中的基础理论研究，研究方向涵盖以揭示强震发生地点和强度为主要目标的地震构造环境研究；以探索强震孕育过程和机理为主要目标的地震动力学研究；以发展地震预测新方法为主要目标的对地观测技术综合研究；以认识火山喷发机理和火山灾害预测为主要目标的活动火山研究；以地震灾害综合防御和地震应急理论为主要目标的地震成灾机理和地震地质研究五个方面。同时，研究所还从事新生代构造演化、现代地壳运动、构造物理与高温高压岩石力学、现今地球动力过程、深部地球物理、现代火山作用等地球科学理论的基础研究。

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上海消防研究所是中华人民共和国公安部直属的集政府决策咨询、规范标准制订、产品监督检验、火灾理论及消防装备技术研究、消防高新技术开发应用于一体的综合性研究所，也是国家级社会公益型科研机构，以及国际标准化组织ISO/TC21/SC2和ISO/TC21/SC14的国内技术归口单位，主要从事消防基础理论与管理、消防装备与技术、灾害事故预防与控制技术、消防执勤训练技术、火灾物证鉴定技术、产品检验装置与技术和工程消防技术的研究工作。
上海消防研究所内设7个职能处室以及科研开发、消防产品检测、火灾物证鉴定和成果转化与推广应用等4个业务机构。科研工作主要由火场防护研究室、灭火技术与装备研究室、灭火理论研究室、信息研究室等4个研究室承担；火灾物证鉴定工作主要由公安部消防局上海火灾物证鉴定中心承担；消防产品检验工作由国家消防装备质量监督检验中心承担；科技成果的转化与推广应用工作主要由国家消防工程技术研究中心（上海）和上海倍安实业有限公司承担。

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广州能源研究所是直属于中国科学院的新能源与可再生能源领域的研究与开发利用科研机构，也是国家能源生物燃料研发中心、中国科学院可再生能源重点实验室、中国科学院天然气水合物重点实验室、广东省新能源和可再生能源研究开发与应用重点实验室、中国科学院广州天然气水合物研究中心等研发平台的依托单位，主要从事清洁能源工程科学领域的高技术研究，并以后续能源中的新能源与可再生能源为主要研究方向，兼顾发展节能与能源环境技术，发挥能源战略的重要支撑作用。
广州能源研究所致力于在生物质能源高值化转化与规模化利用，分布式可再生能源独立系统应用示范2个方向实现重大突破；在天然气水合物成藏理论与开发研究，海洋能/深层地热规模化发电关键技术，太阳能直接利用功能材料及关键技术，低碳发展及能源战略研究4个方向重点培育方向取得重大进展。

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福建省微生物研究所是隶属于福建省科学技术厅的一家我国较早成立的从事抗生素和微生物药物，工业、农业和环境微生物应用研究的专业科研机构，也是具有一定特色和国际影响的免疫抑制剂生产基地，建有国家新药（微生物）筛选实验室（福建）、福建省新药（微生物）筛选重点实验室、福建省微生物药物试验中心、福建省微生物药物工程研究中心、福建省微生物及化学制药行业技术开发基地和微生物药物自动发酵平台。
福建省微生物研究所研发条件良好，仪器设备先进、试验设施齐全，致力现有产品的拓展新适应症研究和高端剂型开发，通过微生物筛选、化学半合成、生物转化等手段定向寻找抗肿瘤、治疗神经性疾病、抵抗异种器官移植排斥、抗特殊致病性微生物以及罕见病的治疗新药物和延长寿命的功能性新药，加强微生物来源的功能性保健食品的系列产品和工艺研究，开发活性微生物技术和工艺应用于环境保护、污物处理、资源有效利用等领域，在微生物菌种选育、发酵和提炼工艺改进、菌种和药物分析测试、制剂开发和新药报批等方面为企业提供服务。

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福建物质结构研究所是直属于国家最高学术机构——中国科学院的专注于物质科学与技术研究的目前国内一流机构，也是在国际上具有重要影响力的结构化学、新材料与器件集成与应用的综合研究基地，先后获得230多项科技成果和奖励，其中问鼎国家科技三大奖及中科院科技进步特等奖17项、中国发明专利金奖2项，努力建设成为国际材料科学前沿的原创成果基地、新兴产业与变革技术创新基地、高新技术成果转移转化基地、高层次创新创业人才培养基地和海峡两岸科技交流与合作平台；成为从原创基础研究到变革创新、促进成果转移转化的典范。
福建物质结构研究所定位于注重原创基础研究，加强变革创新，促进成果转移转化，多年来面向国家重大与战略需求、面向世界科学前沿，注重原创基础研究，开展基础性、战略性、前瞻性研究，引领国际结构化学和光电晶体材料学科发展，创建物质科学的新理论和新方法，实现目标导向的新材料理论设计和定向合成；谋划创新需求驱动的学科布局，以结构化学和光电材料优势带动新能源、新材料、激光技术、装备制造等相关学科发展。

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中科院软件研究所位于北京海淀区中关村南四街4号中国科学院软件园内，是一所致力于计算机科学理论和软件高新技术的研究与发展的综合性基地型研究所，现拥有无锡、重庆、哈尔滨、广州、青岛、南京、贵阳七处研究所分部研发基地，已形成了以多个国家重点实验室、国家工程研究中心为龙头的基础前沿研究、软件高技术研究和软件应用研究三大科研体系，建立了计算机科学、计算机软件、计算机应用技术等重点学科领域和相关学科方向的学科布局。
中科院软件研究所设有软件基础研究部、软件高技术研究部、软件应用研究部和软件发展研究部等四个研究部以及总体部，集中了一批学术造诣深厚、享誉国内外的科学家，拥有一支高素质、高水平的青年科技人才队伍；现有计算机科学与技术、软件工程两个一级学科硕士、博士研究生培养点，计算机技术、软件工程两个全日制专业学位硕士研究生培养点；并设有计算机科学与技术、软件工程两个博士后科研工作流动站。

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城市环境研究所是直属于中国科学院的目前国际唯一的专门从事城市环境综合研究的国立研究机构，也是国家技术部“国际科技合作基地”、“国家级对台科技合作与交流基地”，拥有“中科院城市环境与健康重点实验室”、“厦门水环境安全与水质保障工程技术研究中心”、“中科院厦门生物产业技术研究开发公共服务平台”、国际科联“城市健康计划国际项目办公室”；拥有“环境科学与工程”、“生态学”专业一级学科博士、硕士学位授予点，以及“环境科学与工程”博士后科研流动站。
城市环境研究所坚持知识创新、技术创新与区域创新相结合，面向国际城市环境科学技术的发展前沿，面向国家城市化进程中可持续发展的重大战略需求，在城市生态环境与健康、城市环境污染控制技术、城市环境工程与循环经济、城市生态环境规划与环境管理等领域，开展理论研究、技术研发、系统集成和工程示范，努力发展成为国际知名的城市环境研究机构。

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中科院高能物理研究所是我国从事高能物理研究、先进加速器物理与技术研究及开发利用、先进射线技术与应用的综合性研究基地，也是中国高能物理学会、粒子加速器学会、核电子学与探测技术学会、同步辐射专业委员会、引力与相对论专业委员会、毒理学会纳米毒理学专业委员会的挂靠单位，开创并推动了中国的粒子物理实验、粒子天体物理实验、粒子加速器物理与技术、同步辐射技术及应用等学科领域的研究和发展，培养了一批优秀科学家，取得了一批高水平研究成果，研发了许多高技术产品，为国家科技事业发展作出了重要贡献。
中科院高能物理研究所建有北京正负电子对撞机国家实验室、核探测与核电子学国家重点实验室，以及粒子天体物理重点实验室、纳米生物效应与安全重点实验室2个中国科学院重点实验室和北京市射线成像技术与装备工程中心。高能所下设实验物理中心、粒子天体物理中心、理论物理室、计算中心、加速器中心、多学科研究中心、核技术应用研究中心等7个研究单位，并在广东东莞设有分部。

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